A 52 ans, en 1938, le 9 juin, il est nommé évêque de Metz pour remplacer Monseigneur Jean-Baptiste Pelt de la famille du célèbre botaniste. Ce n’est pas par hasard que ce prêtre d’origine et de culture alsacienne, formé dans la ville des sacres des rois de France, puis, après avoir exercé la fonction épiscopale dans une ville de Troyes du vieux royaume de France, porteur d’un réel sentiment d’attachement à la France, soit nommé pasteur d’un diocèse « Alsacien-Lorrain » à l’heure où la France craignait le nationalisme extrême de l’Allemagne voisine.

En effet, Metz, le 17 juin 1940, est annexée de fait par le 3ième Reich allemand, un peu plus de vingt années après le retour de l’Alsace-Lorraine à la France. Le pays est alors fragile. La nomination de ce prélat n’est certes pas un hasard dans ce diocèse concordataire. Cette ville historiquement romanophone et francophile doit rester la locomotive du sentiment national français d’une région majoritairement et historiquement germanophone.

Tous les 15 août, depuis la libération de la ville en 1918, la population participait à une procession solennelle à travers les rues de la cité épiscopale pour se rendre Place Saint Jacques, conformément au voeu formulé par la ville et son évêque Benzler durant la Première Guerre Mondiale. Ce 15 août 1940,  le destin de Monseigneur Joseph Heintz bascula.

Malgré l’interdiction formelle des autorités allemandes,  les messins vinrent en masse  déposer, individuellement  au pied de la Vierge, place Saint Jacques,  bouquets et objets fleuris aux couleurs françaises. Une Croix de Lorraine remarquable par sa dimension y fut également déposée, avec la légendaire devise liée au symbole du Chardon Lorrain : « Qui s’y frotte s’y pique ! » Parmi la foule impressionnante on remarquait Monseigneur Joseph Heintz. L’évènement ne passa pas inaperçu et la presse locale titrait le lendemain : « Comme tous les ans à pareille date, les habitants de Metz ont fait leur pèlerinage à la Statue de la Vierge, place Saint Jacques ».

Le lendemain la sanction ne se fit pas attendre. A 6 heures 30, alors que Monseigneur Heintz s’apprêtait à dire la Messe au couvent des Sœurs de l’Espérance, installé dans l’enceinte du palais épiscopal même, deux officiers SS se présentaient à la porte de l’évêché encerclé par la force armée. On lui signifia son expulsion par décision de l’autorité allemande et cela dans les deux heures avec 50kgs de bagage et 2000 francs (de l’époque).

Une lettre du ministre du culte allemand Kerrl au futur gauleiter Bürckel demandait déjà l’évincement du prélat de son Siège épiscopal car non incardiné dans ce diocèse.  Monseigneur craint un instant devenir martyr par déportation. L’autorité allemande lui reprochait le ton de ses prônes et sa langue « française ». Mais la providence en décida autrement. Il essaya de connaître les motifs de cette lourde sanction. Il demanda à être traduit devant un tribunal et souligna que le Pape l’avait désigné pour être pasteur du diocèse de Metz. De plus il rappela que l’Etat Allemand avait également signé un concordat avec Rome facilitant les nominations d’évêques en  commun accord entre le Pape et le Chef de l’Etat.

Rien n’y fit, le prélat sera conduit en zone libre de France. Toutefois, il souhaita emporter son calice personnel offert par le clergé mosellan lors de son intronisation. Cette demande fut acceptée, mais  la gestapo lui signifia que la réglementation des changes faisait obstacle à toute exportation de valeur précieuse. Le calice fut confisqué. L’objet sacré fut soigneusement mis à l’écart grâce à un fervent catholique en poste dans les services allemands pour être restitué à Monseigneur dès son retour en 1944.

La maman de Monseigneur Heintz domiciliée au Palais épiscopal chez les Sœurs de l’Espérance fut autorisée à embrasser son fils avant son départ. Elle lui fit quelques recommandations en alsacien au grand étonnement de l’entourage allemand présent à l’évêché sur le moment. Madame Heintz, fut autorisée, vu son âge, à demeurer à l’évêché.

On exigea de Monseigneur qu’il revêtit la tenue civile pour quitter l’évêché. Il s’y refusa en clamant qu’il n’avait aucun effet bourgeois dans sa garde robe qu’il ouvrit aux visiteurs. De plus il précisa qu’il ne possédait plus aucune tenue, ni cravate ou effets civils depuis son ordination sacerdotale comme le veut la règle !

Enfin près de Chalons sur Saône, les deux officiers abandonnent Monseigneur Heintz devant le poste de contrôle de la ligne de démarcation. La gendarmerie française ne sut que faire de ce prélat perdu et inattendu qui venait de recevoir congé d’officiers SS à deux mètres de leur guérite sans un mot. Les SS en le laissant sur la route en pleine campagne l’avaient salué militairement. A cela l’évêque répondit « Je vous souhaite un bon voyage (de retour) et que Dieu vous pardonne tout : » A ces paroles ils blêmirent.

Finalement Monseigneur reçu un bon accueil dans un village démuni de prêtre depuis très longtemps. Il rejoint l’archevêché de Lyon qui le prit en charge. En attendant la libération de Metz, Monseigneur Heintz se met au service de l’évêché de Saint Flour dans le Cantal en Auvergne. Cette belle petite ville fut un nid de résistance très vigoureux.

Le 21 novembre 1944, de retour dans son diocèse, il retrouvait son calice resté à l’abri dans les locaux même de la Trésorerie générale de Metz.

Monseigneur Joseph Heintz s’est éteint le 30 novembre 1958.